Neformální sdružení pod názvem Koalice nevládní organizací pro Naturu 2000 působí v České republice již od roku 2003. V současnosti Koalici představuje 14 aktivních NNO. Členské organizace v rámci svých možností spolupracují v otázkách problematiky týkající se Natury 2000.

Od počátku se Koalice ve spolupráci s vědeckou a odbornou veřejností věnuje zejména hodnocení dostatečnosti národního seznamu evropsky významných lokalit (EVL) a ptačích oblastí z hlediska potřeb ochrany druhů a typů přírodních stanovišť, zástupci Koalice vytvořili tzv. stínový seznam a oponovali národní seznam EVL na obou biogeografických seminářích.

V současnosti je pozornost věnována práci na plánech péče o EVL a vytváření tlaku na včasné vyhlášení zvláště chráněnými územími u takových EVL, kterým hrozí poškození díky nevhodnému (ne)hospodaření. V případě hodnocení vlivů na lokality Natury 2000 Koalice jedná především v otázkách sledování naplňování povinností plynoucích z článku 6 směrnice o stanovištích. Koalice se bude dále zabývat doplňováním referenčních seznamů i jednotlivých lokalit Natury 2000 a také kontrolou státem řízeného sledování biotopů a druhů a následného hodnocení stavu z hlediska ochrany.

Členství v Koalici je otevřené pro všechny NNO, jež chtějí přispět k důkladné ochraně Natury 2000.