Území EVL Beskydy je převážně zalesněno (více než 70 % území zaujímá les). Lesní vegetaci tvoří především květnaté bučiny as. Dentario enneaphylli-Fagetum a Dentario glandulosae-Fagetum (L5.1) v rozmezí výšky od 400-500 m n. m. a acidofilní bučiny sv. Luzulo-Fagion (L5.4), pokrývající zpravidla hřebenové polohy od 700-1 000 m n. m., ale rovněž inverzní údolní polohy. Převládající dřevinou je buk lesní (Fagus sylvatica), doprovázený nejvíce jedlí bělokorou (Abies alba), javorem klenem (Acer pseudoplatanus) a smrkem (Picea abies).
Na nejvyšší vrcholy (Lysá hora, Smrk, Travný, Kněhyně, Velký Polom aj.) jsou vázány horské klimaxové smrčiny (L9.1, L9.3), zhruba od výšky 95O m n. m. Horské smrčiny vznikají také jako náhradní společenstvo ve vytěžených imisních smrčinách. Dominantní dřevinou je zde přirozeně smrk ztepilý doprovázený jeřábem ptačím, v nižších polohách a v příhodnějším klimatu ještě i klenem a bukem.
Na prudkých svazích se maloplošně nachází suťové lesy (L4). Objevují se na lesních půdách často sycených svahovou vodou, i na jemně skeletnatých půdách na hranách svahů. Suťové lesy přechází ve vyšších polohách v horské klenové bučiny (L5.2) se zastoupením druhů vysokobylinných niv.
V nižších polohách se rozkládají společenstva dubohabřin as. Carici pilosae-Carpinetum (L3.3B). V dnešní krajině se zachovaly jen ve zbytcích, převážná část zmizela v důsledku zkulturňování krajiny a vlivem zemědělské činnosti člověka. Dubohabrové háje zaujímají jen malou část území EVL Beskydy především na jeho jihozápadním okraji.
Úzké pruhy kolem řek a potoků jsou dodnes zčásti osídleny společenstvy údolních jasanovo-olšových luhů (L2.2A, B). Nejčastějšími zástupci stromového patra jsou přirozeně olše lepkavá a šedá. Různé druhy vrb, které v minulosti tvořily velmi charakteristickou součást těchto společenstev, byly velmi silně zredukovány úpravami toků, při nichž byly nejčastěji nahrazovány hlubokokořennými listnáči, nejčastěji jasanem. Na březích bystřin a na lesních prameništích v horských polohách jsou ojediněle zachovány horské olšiny s olší šedou (Alnus incana) (L2.1).
Náhradní vegetaci podmáčených stanovišť tvoří údolní vlhké louky a rašelinné a prameništní louky (R2.2, R2.3), v minulosti z velké části odvodněné. Na vlhkých stanovištích se vyskytují pcháčové louky (T1.5) a tužebníková lada (T1.6), v menší míře vegetace vlhkých narušovaných půd (T1.10). Přirozeně vzácné jsou petrifikující prameny (R1.1, R1.3), naopak běžná jsou lesní prameniště bez tvorby pěnovců (R1.4). Podél potoků zůstávají ve zbytcích zachována vlhkomilná vysokobylinná společenstva. V nižších polohách zejména devětsilové lemy (M5) s devětsilem lékařským (Petasites hybridus), ve vyšších polohách nastupuje devětsil bílý (P. albus), v horských polohách se ojediněle objevují subalpínské porosty vysokobylinných niv (A4.2) a kapradinových niv s papratkou horskou (Athyrium distentifolium) (A4.3).
V pestrém zastoupení travinobylinných společenstev dominují ovsíkové louky sv. Arrhenatherion (T1.1) a poháňkové pastviny sv. Cynosurion (T1.3). Jako pozůstatky rozsáhlé pastvy ovcí v minulosti jsou na svazích vyvinuty podhorské smilkové trávníky (T2.3A, B), často s roztroušenými keři jalovců. Vznikají tak pro území Beskyd charakteristické „jalovcové pasínky". Pouze na bezlesích hřebenech v montánních polohách se vyvíjí společenstva horských smilkových trávníků s alpínskými druhy sv. Nardo-Agrostion tenuis (T2.2). Maloplošně se na lokalitě vyskytují širokolisté suché trávníky, a to i s výskytem jalovce a orchidejí (T3.4A-C). Na mezích, okrajích cest a lesů jsou často zachovalé mezofilní křoviny (K3) s hlohem (Crataegus sp.), růží (Rosa sp.) a trnkou (Prunus spinosa).
Roztroušeně a zpravidla maloplošně se objevují pískovcové skalní výchozy (S1.2), častým jevem je tzv. pseudokras. Největším skalním útvarem jsou Pulčínské skály v Javorníkách, jeskyně (S3) se vyskytují např. v oblasti Radhoště, Kněhyně, Čertova mlýna a Lysé hory.
V území se vyskytuje celá řada chráněných a ohrožených druhů živočichů a rostlin.