Ptačí oblast Boletice (23 546 ha) byla zřízena vládou ČR nařízením č. 19/2005 Sb., ze dne 15. prosince 2004. Zahrnuje celý Vojenský újezd Boletice a území o ploše asi 1600 ha, přesahující hranice újezdu směrem ke Zbytinám. Předmětem ochrany je 5 druhů ptáků. Jen s předchozím souhlasem příslušného orgánu ochrany přírody lze v ptačí oblasti, mimo současně zastavěné a zastavitelné území obcí, provádět činnosti vyvolávající změnu výše ustálené hladiny povrchové a podzemní vody, která by mohla způsobit změnu biotopu druhu, pro který je ptačí oblast zřízena, udržovat odvodňovací systémy a měnit druh pozemků a způsoby jejich využití. Nařízení vyjmenovává i činnosti, k nimž předchozí souhlas potřebný není, včetně využívání území vojenského újezdu pro potřeby obrany státu.
Evropsky významné lokality Boletice a Polná byly vymezeny nařízením vlády ČR č. 132/ 2005 Sb., ze dne 22. prosince 2004. Obě leží ve vojenském újezdu. První lokalita je rozlehlá (20 348 ha) a chrání devět typů přírodních stanovišť, dva druhy obratlovců, čtyři druhy bezobratlých živočichů a jeden druh rostliny. Druhá je naopak velmi malá (0,64 ha) a chrání jediný druh - hořeček český (Gentianella bohemica).
Mezinárodní význam přírody Boletic podtrhuje rovněž jejich vyhlášení významným ptačím územím (v hranicích shodných s ptačí oblastí) a botanicky významným územím složeným z několika částí o celkové rozloze 10 803 ha.
Do více než poloviny ptačí oblasti (57 %) zasahuje Chráněná krajinná oblast Šumava. Zatímco ve vojenském újezdu dosud žádná maloplošná zvláště chráněná území vyhlášena nebyla, do části ptačí oblasti za jeho hranicemi zasahuje 136,9 hektary národní přírodní památka Blanice. V ní je předmětem ochrany perlorodka říční (Margaritifera margaritifera). Leží zde také přírodní rezervace Pod Farským vrchem (83 ha), která chrání bývalé jalovcové pastviny a rašelinná společenstva, a přírodní památka Vyšný - Křišťanov (4,42 ha), kde je motivem ochrany louka s šafránem bělokvětým (Crocus albiflorus).
Na území Vojenského újezdu Boletice vykonává státní správu v ochraně přírody a krajiny újezdní úřad v rozsahu působnosti obecních úřadů, obcí s rozšířenou působností, krajů i správ národních parků a chráněných krajinných oblastí. Ministerstvo obrany na území vojenských újezdů zpracovává ve spolupráci ministerstvem životního prostředí prognózy, koncepce a strategie ochrany přírody, zřizuje přírodní rezervace a přírodní památky a jejich ochranná pásma, stanovuje jejich ochranné podmínky, schvaluje plány péče o tato zvláště chráněná území, uděluje výjimky ze zákazů atd. (§ 78 zákona č. 114/1992 Sb.). Pro část ptačí oblasti, která přesahuje hranice újezdu, je orgánem ochrany přírody Správa NP a CHKO Šumava. Výjimkou jsou pozemky, na kterých hospodaří VLS ČR, s. p. Tam je orgánem ochrany přírody Ministerstvo životního prostředí. První zprávy o přírodě Boletic pocházejí z 2. poloviny 19. století. Začátkem 20. století následoval přehled asi 30 zajímavých nálezů rostlin, ale i nadále území zůstávalo ve stínu pozornosti badatelů. V létě 1950 byl při průzkumu drobných savců v připravovaném vojenském prostoru odchycen první šumavský rejsec černý (Neomys anomalus). Další dílčí informace o drobných savcích byly získány při odchytech u bývalé osady Sádlna v rámci
parazitologického průzkumu Šumavy v letech 1955-1975. Většinou však v prvních čtyřiceti letech existence vojenského újezdu biologové poznávali přírodu tohoto území jen při vojenské službě nebo prostřednictvím informací pracovníků Vojenských lesů a statků a z mysliveckých statistik, vedených po existenci újezdu a dokumentujících vývoj populací významných druhů zvěře.
V 70. a 80. letech 20. století byly nejzajímavější zprávy o hnízdění orla křiklavého (Aquila pomarina). Výsledky rozsáhlejšího botanického výzkumu z této doby zůstaly nepublikovány. V 90. letech výzkumné aktivity narůstají. Jsou studována ptačí společenstva šesti nelesních stanovišť a dvou zbytků pralesů, publikován nález popelivky sibiřské (Ligularia sibirica) a souhrnný materiál o vegetaci vodních makrofyt. Nepřetržitě se od poloviny 90. let sčítají a kroužkují samci chřástala polního (Crex crex) a při této příležitosti registrují i další vzácné druhy. Množství nových poznatků přináší orientační botanický a entomologický průzkum. V letech 2001-2004 se uskutečnilo ve vojenském újezdu rozsáhlé mapování biotopů a v letech 2004 a 2005 v celé ptačí oblasti sčítání ptáků na více než 2000 bodech a doplňkově sčítání tetřívků, sov a druhů vodních ploch a vodotečí.
brožura Příroda Boletic