Ačkoliv je území Soutoku v rámci České republiky jedinečné, není prozatím chráněno natolik, aby bylo možné při jeho ochraně využít finančních nástrojů dostupných ve velkoplošných chráněných územích. Současný stav a trend hospodaření sice vymezuje určitou snahu na zachování přírodních hodnot, ale ve větší míře odráží pouze ekonomické požadavky spojené s obhospodařováním lesa pasečným způsobem. Hospodářský způsob pasečný však nezaručuje ponechání nebo tvorbu biotopů nezbytných pro přežití zvláště chráněných druhů a evropsky významných druhů. Inventarizace ukázala rychlé odumírání starých stromů a neexistenci mladších, které by je mohly nahradit. Za posledních 20 let počet vhodných solitérních a osluněných stromů klesl na polovinu. Je prakticky jisté, že během příštích 20-50 let z mnoha set starých solitérních stromů zůstane naživu maximálně pár desítek, což povede ke kolapsu populací a následnému vymření stovek druhů bezobratlých, které na starých solitérních stromech existenčně závisejí. Zásadní pro jeho předměty ochrany je vytvoření těchto speciálních biotopů prořeďováním lesa, tvorbou lesa středního, výsadbou solitérních stromů, uvolňováním stromů z porostních plášťů a tvorbou vrboven. Absencí aktivního managementu, je velice ohrožen stav populací evropsky významných druhů sparoxylofágního hmyzu v tomto území.
Paseky se pro obnovu porostů dubem letním připravují rozdrcením a zapravením zbytků po těžbe do půdního horizontu pomocí půdních fréz. Tato technologie je používáná celoplošně. Při přípravě půdy pro výsadbu tímto způsobem dochází k výraznému poškozování nejen samotných jedinců, ale i biotopů pro významné a zvláště chráněné druhy rostlin a živočichů a cenných lesních stanovišť. Absence aktivního obhospodařování lučních společenstev má za následek jejich degradaci. Pro zachování kvality a rozlohy těchto společenstev při respektování hnízdního období některých významných druhů ptáků je nutné je pravidelně kosit. Rentabilita takové činosti je buď nulová nebo záporná. Proto je nezbytné za pomocí finančních prostředků projektu nastartovat řetězec činností, který zajistí hospodaření na loukách i do budoucna.
Mezi opatření, která jsou nezbytná pro předměty ochrany z řad obojživelníků a ryb je také obnova či revitalizace mělkých periodických tůní a vodních kanálů, které je nutné zachovat, případně zvětšit. Mikroklimatické podmínky pak vhodným způsobem zlepší prosvětlování břehových porostů.
Hlavní nebezpečí pro zachování cenných lužních lesů a luk znamenají:
Zásadní význam pro zachování přírodního bohatství oblasti Soutoku mají změny v současném lesnickém i zemědělském hospodaření:
- obnova hospodářského tvaru lesa středního a nízkého
- obnova pastvy dobytka na vybraných plochách
- zvyšování podílu vzácných dřevin
- cílené pěstování mohutných stromů a citlivá péče o ně
- výsadba solitérních stromů na loukách
- zalučňování podmáčených pozemků
- tvorba stanovišť na podporu zvláště ohrožených druhů, např. tůní a jezírek