Oblast Šumavy pokrývá evropsky významná lokalita a ptačí oblast Šumava.
Šumava má za sebou mnoho let velmi obtížně řešitelných sporů o přístupy k ochraně přírody na svém území. Stala se předmětem politických debat širokého spektra obyvatelstva.
Nevládní organizace se již v minulosti staly partnerem diskuse o budoucnosti Šumavy a stimulovaly řadu pozitivních změn. Důležitým aspektem byla i mezinárodní konzultace v podobě Ramsarské mise a mise IUCN (v letech 2001 a 2002).
S odstupem je možné konstatovat, že přinejmenším za posledních 10 let došlo k jistým zlepšením a posunům v péči o Šumavu.
Podrobnější pohled na současný stav není zdaleka uspokojivý. Fatálním společným jmenovatelem všech kauz, problémů a sporů jsou příliš časté změny v koncepcích k rozhodování o ochraně území. Tato situace vyvolává dojem, že se Správa Národního parku a Chráněné krajinné oblasti Šumava při svých rozhodnutích řídí více politickými tlaky než odbornými argumenty.
V letech 2007 a 2008 se nevládní organizace zapojily do řešení několika kauz, které se vztahují k ochraně evropsky významné lokality a ptačí oblasti Šumava. Natura 2000 je sice (pouze) jedním z mnoha nástrojů ochrany přírody na Šumavě, problémy s naplňováním požadavků směrnice o ptácích a směrnice o stanovištích však velmi dobře ilustruje nefunkčnost ostatních nástrojů. Na základě níže uvedených argumentů jsme přesvědčeni, že s vědomím Správy NP a CHKO Šumava a dalších zodpovědných státních institucí soustavně dochází k významně negativním vlivům na předměty ochrany a celistvost EVL a PO Šumava a také k porušování postupů posuzování vlivů na evropsky významné lokality a ptačí oblasti dle čl. 6.3 směrnice o stanovištích.
Posuzování vlivů na evropsky významné lokality a ptačí oblasti je Správou NP a CHKO Šumava se souhlasem Ministerstva životního prostředí opakovaně opomíjeno, a to jak ve věcné, tak v procesní rovině.