Existuje dlouhodobý politický tlak na otevírání hraničních přechodů na území evropsky významné lokality (EVL) a ptačí oblasti (PO) Šumava, a to i v nejcennějších oblastech Šumavy. Otevřením hraničních přechodů by mohlo dojít k závažné změně podmínek biotopů některých druhů, které jsou předmětem ochrany PO a EVL Šumava a jsou citlivé k rušení turistickými aktivitami. V červenci 2008 bylo vydáno společné vyjádření nevládních organizací, které požaduje zpracování souhrnné studie, která komplexně zhodnotí současnou míru fragmentace Šumavy komunikacemi a turistickými trasami a vyhodnotí návrh nových přístupových tras jako celek. (viz text vyjádření)

Takové hodnocení nebylo zpracováno, přesto již dochází k otevírání přechodů. V roce 2009 je mimo jiné otevírán i přechod Modrý sloup, pro který byla v minulosti zpracována řada posudků, které konstatovaly významně negativní vliv na tetřeva hlušce (otevírání přechodu - viz tisková zpráva Správy Národního parku a CHKO Šumava). Byla navržena tzv. „kompenzační opatření" pro ochranu tetřeva hlušce. Jsou však naprosto nedostatečná, nejedná se o kompenzaci negativního vlivu plánovaného záměru. Neproběhlo řádné vyhodnocení vlivů záměru ani vyhodnocení kumulativních vlivů.

Nekoncepčním a nekoordinovaným otevíráním přechodů pravděpodobně dochází k významně negativnímu vlivu zejména na tetřeva hlušce. Z tohoto důvodu je zvažováno podání stížnosti Evropské komisi.